Již v 9. stol. byl Velehrad politicko-správním centrem Velkomoravské říše a metropolí prvního moravského arcibiskupa sv. Metoděje. Cisterciácký klášter byl založen počátkem 13. stol. markrabětem Vladislavem Jindřichem a v roce 1222 jeho správa přešla na krále Přemysla Otakara I. V roce 1421 byl zničen husity a obnovy se dočkal až po dalších 150-ti letech. V roce 1681 podpálil klášter jeden z mnichů Malachiáš Zápotočný a jeho barokní přestavba pak trvala až do roku 1735. V roce 1784 byl klášter zrušen.