První písemná zmínka o osadě pochází z roku 1231. Budějovice patřily k zeměpanskému zboží spravovanému z Bítova. Spravovali jej a v roce 1498 i získali Lichtenburkové, po nich pak Valdštejnové. Zdeněk Brtnický z Valdštejna přišel o majetek po bitvě na Bílé hoře a Budějovice získali Schaumburkové. Rudolf Jindřich ze Schaumburka zde postavil zámek. Nová vrchnost vedla dlouhotrvající spory s měšťany, jejichž práva neuznávala. V roce 1736 koupili zbídačené město Wallisové.