První písemná zmínka pochází z roku 1248, kdy na místě dnešního zámku stála templářská komenda. Po zrušení řádu templářů v roce 1312 panství získal král a posléze páni z Lipé. V roce 1353 se majiteli stali páni ze Šternberka, roku 1437 páni ze Zástřizl a v roce 1512 páni z Kunštátu. Před rokem 1530 koupili zadlužené panství páni z Víckova. Těm však byl za účast na protihabsburském povstání zkonfiskován majetek a v roce 1624 získali čejkovické panství olomoučtí jezuité. Po zrušení řádu v roce 1773 byl jejich majetek převeden na Studijní fond a v roce 1783 Čejkovice koupil císař Josef II.