První písemná zmínka je z roku 1277, kdy zde byl založen kostel sv. Bartoloměje. Původně trhová ves patřila zprvu pánům z Krumlova, od roku 1302 pak Rožmberkům. Již od roku 1305 se zde vybíralo mýtné na mostě přes Vltavu, v roce 1379 pak byl Frymburk povýšen na městys. V roce 1600 získal panství darem hrabě Jan Zrinský a po jeho smrti v roce 1612 Jan Jiří ze Švamberka. Po konfiskaci za účast na stavovském povstání se v roce 1620 stávají posledními majiteli Buquoyové. Podstatná část Frymburka byla v roce 1958 zatopena Lipenskou přehradou.