První písemná zmínka pochází z roku 1261, zakladatelem byl patrně Přemysl Otakar II. V roce 1421 se město vzdalo husitům a slíbilo věrnost kalichu. Roku 1436 však táborský hejtman a kněz Bedřich ze Strážnice uznal Zikmunda za českého krále a ten mu Kolín dědičně daroval. V roce 1458 se pak stal soukromým majetkem krále Jiřího z Poděbrad. V letech 1501 - 1506 držel město v zástavě Mikuláš Trčka z Lípy a v letech 1556 - 1591 Žerotínové, kteří také přestavěli kolínský hrad na zámek.