Vyšší Brod Osada byla založena na přelomu 12. a 13. století, v roce 1259 byl založen cisterciácký klášter. Ten začínal se skromným majetkem, v období pozdního feudalismu mu však již patřilo 105 vesnic a dvě městečka. V roce 1422 byl Vyšší Brod vydrancován husity a klášter vypálen. Další rozsáhlý požár zničil roku 1567 na náměstí 54 domů. V roce 1870 získal Vyšší Brod od císaře Františka Josefa I. statut města.