První písemná zmínka pochází z roku 1336, kdy byly Holice zeměpanským majetkem v držení Jana Lucemburského. Od poloviny 14. století patřila ves Šternberkům. V roce 1481 se stal majilem Neptalim z Frymburka a v roce 1493, kdy se osada stala městečkem, Hynek Bradlecký z Mečkova. Od roku 1507 patřily Holice Pernštejnům, v roce 1560 pak koupil panství císař Ferdinand I.

V roce 1956 byla na místní faře založena pamětní síň cestovatele a etnografa, holického rodáka Dr. Emila Holuba (1847 - 1902). V roce 1966 byl otevřen jeho památník, v roce 2012 přejmenovaný na Africké muzeum Dr. Emila Holuba.