První písemná zmínka o vsi pochází z roku 1405. 

V roce 1487 patřila zdejší tvrz vladykovi Pavlu z Římovic. 

Od roku 1533 Kladruby vlastnili Trčkové z Lípy, kteří je prodali Markvartu Stranovskému ze Sovojovic v roce 1546. Roku 1550 se stal majitelem Gabriel Klenovský ze Ptení a po něm Jan Vostrovec z Kralovic. Kladruby patřily k vlašimskému panství a sdílely jeho osud. Jako pobělohorskou konfiskaci získal panství Bedřich z Talmberka, pán na Jankově a Nemyšli. Dalšími majiteli byli např. Auersperkové. V roce 1923 byl v Kladrubech založen Sbor dobrovolných hasičů a roku 1937 MUDr. Viktorem Schillerem rehabilitační ústav.