Rod je zmiňován již ve 12. století, rodové sídlo Chudenice vlastnili nepřetržitě od roku 1291 do roku 1945. Dále vlastnili například Dymokury, Horní Maršov, Vrchlabí, Jindřichův Hradec, Kost či Krásný Dvůr, nechali postavit zámky Kozel, Humprecht, Petrohrad nebo Vinoř. Diviš Czernin, hejtman Pražského hradu a služebník Fridricha Falckého, byl 21. června 1621 popraven na Staroměstském náměstí, zatímco jeho bratr Heřman bojoval v bitvě na Bílé hoře na straně císaře a byl povýšen do hraběcího stavu. Přestože Czerninové byli věrnými služebníky habsburských císařů, hrabě Otakar Czernin svou kritikou T. G. Masaryka a neobratnou politikou ve funkci rakouského ministra zahraničí přispěl k zániku habsburské monarchie. Evžen Czernin se v roce 1938 kvůli záchraně statků v Sudetech přihlásil k německé národnosti. Rudolf Theobald z vinořské větve se naopak postavil na stranu českého státu a byl uvězněn nacisty. Zestátněné Dymokury pak byly Czerninům vráceny.